Nulle par ailleurs il est possible de trouver sur le même territoire tous les grands animaux emblématiques des savanes africaines, en plus des gorilles des montagnes et des chimpanzés. La richesse faunique de l’Ouganda est incroyable et l’on passe en quelques heures de route des collines verdoyantes de la forêt pluviale et ancestrale de Bwindi aux plaines ouvertes et à la savane de Queen Elizabeth, puis du parc national de Murchison Falls. Ce pays est à lui seul un condensé inimaginable de toutes les beautés naturelles de l’Afrique et porte ainsi de façon idéale son surnom de perle de l’Afrique.

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Les principaux parcs nationaux les plus visités sont Queen Elizabeth et Murchison Falls. Ces deux parcs concentrent à eux seuls la plupart des espèces animalières d’Afrique de l’Est : primates (chimpanzés, babouins, singes bleus, vervets, singes de l’Hoest, etc.), éléphants, hippopotames, girafes, buffles, cobs Defassa, cobs ougandais, sitatungas, lions, léopards, hyènes tachetées, servals, loutres, mangoustes, zorilles, pangolins, crocodiles du Nil, etc.

Le pays héberge également les parcs nationaux de Lake Mburo, Kibale et Semliki (pour aller à la rencontre des chimpanzés, mais aussi de rares espèces de singes telles que le mangabey ou le singe De Brazza ou encore le colobe noir et blanc et le colobe rouge), Bwindi et Mgahinga pour les gorilles, ainsi que Mount Elgon et Kidepo Valley.
Ce dernier est situé à l’extrême Nord-Est du pays, à la frontière avec le Kenya et le Sud-Soudan. C’est le seul parc d’Ouganda qui abrite une population de guépards. Etant relativement éloigné de tous les autres sites naturels du pays, ce parc reste une étape totalement hors des sentiers battus et hors du temps, un véritable havre de paix pour les prédateurs tels que le lion, le léopard, le chacal à flanc rayé ou encore la hyène tachetée, ainsi que pour leurs proies (zèbre de Burchell, buffles, Cobs Defassa et ougandais, élans, girafe de Rothschild, ou encore vervets, singes bleus, patas et babouins).

Le sanctuaire de Ziwa, situé à mi-chemin entre Entebbe et Murchison Falls, mérite également un arrêt. Il est possible de suivre les rhinocéros à pied et c’est le seul endroit en Ouganda où il est possible de rencontrer ces doux géants si menacés par l’homme.

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Le territoire ougandais accueille des lacs parmi les plus importants d’Afrique. Outre le célébrissime Lake Victoria qui s’étend sur 3 pays (Kenya, Tanzanie et Ouganda) et qui est le plus grand lac d’Afrique à ce jour, on compte également Lake Albert, Lake George et Lake Edward qui s’étendent du sud de Murchison Falls à Queen Elizabeth en passant par Fort Portal.

S’ajoutent alors à cette liste Lake Mburo, qui est également un parc national réputé pour sa population d’impalas, de girafes de Rothschild, et d’élans, qui héberge aussi lions, léopards et hyènes, Lake Bunyoni, Lake Kyoga, Lake Bisina et Lake Opeta. La plupart des ces lacs offrent l’opportunité d’un safari-bateau à la recherche des animaux et spécifiquement de l’avifaune. L’une des croisières les plus prisées du pays se fait également sur l’un des bras du Nil surnommé le Canal de Kazinga (Kazinga Channel).